Conda？Mamba？Docker？生信软件管理指南 — 轻松解决软件安装困扰
原文作者：Mario F. Bisconti
原文地址：blog.crcbio.com
译者：鹿芗泽
你是否遇到过因依赖冲突导致环境崩溃的窘境？
别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。
为什么生信软件安装总是如此混乱？
原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。
不同的软件可能需要不同版本的 Python、R、C 库或编译器，而一个软件的安装很可能破坏另一个系统的依赖环境。
这时，包管理器便成为你不可或缺的好帮手，帮助你解决各种依赖问题。
Conda：得心应手的工具库
对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。
Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。
通过创建隔离环境，你可以将不同工具及其依赖独立于系统其他部分，从而避免版本冲突带来的麻烦。
示例：
# 创建一个名为 rnaseq 的环境，并安装指定版本的软件
conda create -n rnaseq salmon=1.10 fastqc=0.11.9
# 激活 rnaseq 环境
conda activate rnaseq这样，你就能为 RNA-seq 分析构建一个干净、独立的工作环境。
Mamba：Conda 的极速伙伴
虽然 Conda 功能强大，但在处理复杂依赖和大型环境时常常显得比较缓慢。
Mamba 是 Conda 的一个替代品，它完全兼容 Conda 命令，但得益于底层采用 C++ 实现，安装和依赖求解速度大为提升。
只需安装一次：
conda install mamba -n base -c conda-forge译者注： 请不要使用此方法安装 Mamba ！！！
请删除Conda后，再重新安装 Mamba !
之后，使用方式与 Conda 相同：
mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools=1.16体验极速安装带来的畅快感受吧！
注意：Channel 的优先级配置
使用 Conda 或 Mamba 安装软件时，会从多个渠道 (channels) 下载包。
正确配置渠道的优先级至关重要！
推荐配置如下：
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge以上命令会将指定渠道置于列表最上方，从而保证下载包时按照 conda-forge > bioconda > defaults 的顺序进行选择。
Docker：全环境封装的终极解决方案
对于一些“古董级”的工具，或者开发者未提供 Conda 包的情况，Docker 是理想之选。
可以将 Docker 理解为一个“集装箱”，里面预装了运行该工具所需的一切——操作系统、库、依赖等，确保工具在任何系统上都能运行一致。
示例：
# 从 biocontainers 拉取 fastqc 镜像
docker pull quay.io/biocontainers/fastqc
# 运行 fastqc 容器，并将当前目录挂载到容器内以处理数据文件
docker run -v $PWD:/data quay.io/biocontainers/fastqc fastqc /data/myfile.fastq虽然 Docker 对初学者而言略显复杂，但熟练掌握后将带来极高的可复现性和稳定性。
译者注： 国内因网络环境问题，需要使用 chsrc 切换镜像源后，才能正常使用 Docker 拉取镜像。
怎么选用？
| 你的需求 | 推荐选择 |
|---|---|
| 刚刚入门，想快速开始 | Conda |
| 对 Conda 的安装速度不满意 | Mamba |
| 讲究软件运行的可复现性 | Docker |
| 使用流程管理工具（如 Snakemake） | Conda 或 Docker |
| 希望共享完整的工具集 | Docker 或使用 environment.yml 文件 |
包管理小贴士
切勿在
base环境中安装所有软件。每个项目建议使用独立的命名环境。
及时备份环境配置：
conda env export > environment.yml随时可通过备份文件重建环境：
conda env create -f environment.yml如果遇到环境崩溃，不妨删除旧环境，重新构建即可。
总结
在生物信息学的道路上，你会接触并安装大量工具，而其中部分工具难免会发生冲突。
但借助 Conda（以及未来可能使用的 Docker），你可以构建整洁、有序且高效的工作环境，最大限度地减少安装问题带来的困扰。
下一篇：我们将探讨命令行操作技巧，这些终端小技巧可以为你节省大量宝贵时间。