拥抱AI - 从vscode开始
引言
作为生信分析工程师，日常工作中不仅需要处理大量的代码和数据，还需要不断学习和适应新的技术和工具。🧬💻
得益于 AI 的发展，许多繁琐的任务得以自动化，使我们能够将更多精力集中在数据分析和模型构建上。🤖📊
在这个过程中，选择合适的工具至关重要。Visual Studio Code（VSCode）作为一款轻量级的代码编辑器，凭借其强大的扩展性和良好的用户体验，逐渐成为生信分析领域的热门选择。🚀✨
本文将介绍如何在 VSCode 中配置 R 环境，替换 RStudio，并利用 VSCode 的强大功能提升工作效率。💡🔧
R 环境配置
一、插件软件安装
- 在VScode中安装vscode-R、VSCode-R-Debugger、Path Autocomplete扩展。
- 利用 ssh 连接服务器，安装 mamba，安装教程见：Mamba安装。
- 在服务器终端中输入下面的命令安装 R、radian、pandoc。
# 创建名为 R 的 conda 环境
mamba create -n R
# 激活 R 环境
mamba activate R
# 安装最新版的 R
mamba install r-base -c conda-forge
# 安装radian、pandoc
mamba install radian pandoc这里使用mamba（和conda没有什么区别）安装R、radian和pandoc的原因是在没有服务器root权限的情况下，使用 mamba 安装 R 可以更方便的更新到最新版本的 R。
- 按照下面的代码安装languageserver、httpgd、rmarkdown R 包
# 请逐步安装每一个 R 包，因为在安装 R 包的过程中可能会出现报错，报错解决办法看文末的常规问题。
install.packages("languageserver")
install.packages("httpgd")
install.packages("rmarkdown")二、软件配置
- 配置 VScode-R 插件，打开 VScode 的设置，搜索
r.rterm.linux，填入 R 所在的路径。R 路径可以在 R 的环境下使用which R命令查看 R 的路径。在这里没有使用 radian 的原因是 VScode 无法正常识别 conda 环境中的 radian。
- 搜索
r.bracketedPaste，勾选复选框。
- 搜索
r.plot.useHttpgd，勾选复选框。
- 搜索
editor.defaultFormatter，选择 R。
- 搜索
editor.formatOnSave，勾选复选框。
- 搜索
editor.wordSeparators输入括号中的文本：【`~!@#%$^&*()-=+[{]}\|;:'",<>/?】。 - 搜索
path-autocomplete.pathMappings，点击在settings.json中编辑，粘贴下面的内容到文本末尾，注意缩进。
"path-autocomplete.pathMappings": {
"/": "/",
"./": "${folder}"
}
- 用 ssh 连接服务器，输入
vim ~/.lintr，按i键进入编辑模式，复制下面的内容到文件中，按ESC键退出编辑模式，输入:wq保存并退出。
linters: linters_with_defaults(
object_name_linter = NULL,
line_length_linter = NULL,
object_usage_linter = NULL,
commented_code_linter = NULL)- 快捷键设置，点击 VScode 页面左下角的设置按钮，选择键盘快捷键，然后点击界面右上角的转义按钮，把下面的文本全部粘贴到
keybindings.json中。设置好后按Alt + -即可在脚本中输入<-，其他快捷键请自行探索。
// 将键绑定放在此文件中以覆盖默认值 auto[]
[
{
"key": "alt+-",
"command": "type",
"when": "editorLangId == r && editorTextFocus || editorLangId == rmd && editorTextFocus",
// if you want using quarto, try this
// "when": "editorLangId =~ /r|rmd|qmd/ && editorTextFocus",
"args": {"text": " <- "}
},
{
"key": "ctrl+shift+m",
"command": "type",
"when": "editorLangId == r && editorTextFocus || editorLangId == rmd && editorTextFocus",
"args": {"text": " %>% "}
}
]三、使用方法
在 VScode 中打开写好的 R 脚本后，按Cmd + Enter或Ctrl + Enter即可逐行运行 R 脚本。
四、常规问题
- 安装languageserver R 包报错，提示无法安装xml2依赖包，解决办法发为在 R 环境中使用 mamba 安装 r-xml2 最新版，命令：
mamba search r-xml2=1.3.6 -c conda-forge。r-xml2 的版本请安装最新版，可以到 CRAN 上的CRAN-xml2查看版本，然后用mamba search r-xml2搜索 r-xml2 的版本。如果版本对应，则可以安装。安装频道可以使用 conda-forge，一般都是最新的。然后在 R 的终端中重新安装languageserver R 包。 - 安装httpgd R 包报错，提示无法安装systemfonts依赖包，解决办法是在 R 环境中使用 mamba 安装 r-systemfonts 最新版，命令：
mamba install r-systemfonts=1.1.0 -c conda-forge。r-systemfonts 的版本请按照第一个问题中的描述进行解决。
结语
在 VSCode 中使用 R 的好处是，我们后续可以利用 AI 进行全自动脚本编写与调试，可以大幅度提升效率。
让本来一周的工作量缩短到一天，甚至更短。
至于如何实现嘛，我们下期再分享。bye~ 👋
参考链接
https://github.com/REditorSupport/vscode-R/wiki/Getting-Started
https://github.com/REditorSupport/vscode-R/wiki/Installation:-Linux
https://github.com/REditorSupport/vscode-R/wiki/Keyboard-shortcuts